非常感谢刘钦朋博士为大家带来的精彩汇报！ 此贴为提问贴，欢迎大家积极踊跃提问，并分享交流

老师测序公司那个比较好，现在一代测序很多双峰

各位老师，提蚊虫组织DNA什么试剂盒好用，几豪克到十几毫克

由 吕林 博士主讲的第二十讲将于6月18日（周二）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类# #昆虫#

各位老师好，我采用通用型柱式基因组提取试剂盒对昆虫的肌肉组织进行总DNA的提取，但是提取过后浓度和产量都很低，而且rna污染严重。想问一下各位老师，我要进行二代测序用试剂盒提取DNA有必要利用RNA酶（配套试剂盒没有该酶）去除RNA吗？有什么需要注意的地方，能够提高浓度和产量？以及提取完总dna后，跑电泳的话，我需要买多长的marker进行电泳呀？

各位老师们好，我想请教一下组装线粒体基因组时，控制区不完整的问题。 我目前学习着用novoplasty(seed序列为近缘种的co1序列)和mitoz两种方法组装线粒体基因组，典型基因基本都可以注释出来。但是组装的大部分序列都是线性的，在控制区的位置断开了并且trnI不为起始（如图，前面有300~1000bp左右的非编码区）；几个成环的基因组在用mitoz注释的时候也不显示出控制区的部分。 我想请问一下这是因为有重复序列的原因吗，还是是我组装的时候出问题了

老师好，各位同行好，我现在做的是一个属的系统发育和生物地理，使用COI进行物种界定发现自己通过形态鉴定出来是一个种的分子被划分成不同的种了，这种情况我应该怎么处理呢

各位老师好，知道tRNA序列，怎样得到tRNA的二级结构呢？（tRNAscan-SE试过了，只能预测部分，得到部分二级结构，还有一些没有预测出来）

由 李招毅 博士主讲的第十八讲将于5月31日（周五）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类# #昆虫#

老师好，贴吧的小伙伴们好，我想问一下，如何从全基因组测序获取物种的USCO,UCE,AHE序列，之前的培训感觉基本上都是从获取后开始讲述如何获得高质量matrix的，可以出一期关于从公司原始数据到获得USCO的课程以及获得矩阵后建树的课程么（物种树可以以10个或者更少为例），或者有对应的讲解资料吗，谢谢老师，获得矩阵后的建树和我们普通建树流程一样吗，当下比较焦灼的是第一个问题，就是这些基因如何从全基因组中提取出来，感谢老师，也谢

由 冯泽刚 博士主讲的第十八讲将于5月17日（周五）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类# #昆虫#

老师们好，我想问一下像COX1这种CDS必须全部在开放阅读框吗，我看我注释时参考的参考序列也有部分不在ORF，还是说我找的ORF不准确，我就是用Geneious和ORF finder一起找的

我现在有些建库策略的疑问，我想问下群里的大佬，如果我要测蚤类线粒体基因组，选择哪种策略比较好？第一种是根据动物组织全基因组试剂盒提取全部的基因组核酸（包含核基因组和线粒体基因组）直接建库测序，第二种是先提线粒体基因组核酸进行建库测序。针对第一种方法能组装出来线粒体基因组吗？一个样本的测序深度大概要求多少乘，数据量大小是多少G？

作为课题组里面第一个开始做基因组学的，能找到学习和交流的平台真的太好了，太感谢提供这个机会的老师和同学们了

由 张俊霞 教授主讲的第十七讲将于4月19日（周五）晚7-9点举行。希望大家踊跃参加！#昆虫分类##昆虫#

2024年3月26日北京时间晚19点，《昆虫分类学讲习班》第十六讲如期举行。讲习班以线上模式于腾讯会议和哔哩哔哩（bilibili）进行全网直播，参与人数489人。本期的主讲人是中国科学院动物研究所段梦格博士；参与嘉宾有来自叶瑱副研究员、殷子为副研究员和李轩昆副教授；主持人为南京农业大学的詹志鸿博士。 在本次《昆虫分类学讲习班》中，段梦格博士首先为我们讲解了生态位的概念，生态位是指一个物种能够生存和繁衍后代的所有条件的总和。

我用自己的线粒体基因组.fasta注释的时候显示No tRNAs found. 然后我为了验证是不是文件本身的问题，从NCBI上下载了一个线粒体基因组的文件再尝试去注释的时候还是这样显示。请问是哪里出了问题呢？

各位老师同学好，我需要设置种以下的线粒体基因组引物，线粒体全长为，目前文献上查到只有一组引物，为cox1到cox2为900多bp，我需要下载相邻种的线粒体全长，比对序列找出保守区，根据保守区设置引物，还是需要先按照文献里的跑出来序列，比对，然后补齐序列呀

由 段梦格 博士主讲的第十六讲将于3月26日（周二）晚7-9点举行。 希望大家踊跃参加！

由 刘钦朋 博士 主持的昆虫学分类学讲习班第三讲：线粒体基因组系统发育分析 将于5月24日（周三）晚19:00-21:00 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。

由 李升鉉 博士 主持的昆虫学分类学讲习班第十五讲：Classical and Innovative Techniques in Beetle Collection 将于12月29日（周五）晚19:00-21:00 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。

请问各位老师，我用Novoplasty组装膜翅目寄生蜂的线粒体基因组数据（6X），一共产生了6个contig，没有形成完整的环。这是因为我数据质量不行，还是因为其他的原因？

老师您好，想咨询一下我用NOVOplasty进行有参组装，他得到了两个fasta文件（contigs.fasta和option.fasta），contigs.fasta有4条contig，option.fasta只有contig，请问有什么区别，我该用哪一个文件进行下一步注释！谢谢🙏

各位老师好，我最近在尝试对tRNA进行手动注释，但是在注释的时候常常把握不准tRNA的长度和允许tRNA与其他基因重叠的长度，我想向各位老师请教一下，对于以上两点进行判断的标准是什么呢？ 另外，如果要确定一段序列是tRNA基因，那么用软件预测（从头注释）、以同物种或近缘物种序列做参考、预测其二级结构这三种手段足够用吗，还有没有同样可靠的方法呢？

想问一下谁有丁银环老师的邮箱吗？有实验方面的问题想咨询一下老师

感谢丁老师带来的精彩讲习！ 欢迎大家在此帖下方提问～

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请教一下各位老师！自己在novoplast组装过后产生的Contig文件，打开的时候显示的就是密码子的形式，也是fasta文件格式。但为什么导入到geneius中查看就变成了氨基酸了？且导出tRNA时也是显示无核苷酸序列？

由 王永杰 研究员 主持的昆虫学分类学讲习班第十四讲：昆虫分类与进化 将于12月8日（周五）晚19:00-21:00 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。

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请教一下各位老师，我在虚拟机的linux系统下运行conda install这个命令，打算下载软件，结果报错显示： CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64/ Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL. HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way. ConnectionError(MaxRetryError("HTTPConnectionPool(host='mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn', port=80): Max retries exceeded with url: /anaconda/pkgs/free/linux-64/repodata.json (Caused by

由 唐楚飞 副研究员 主持的昆虫学分类学讲习班第十三讲：昆虫体表微观结构的定量观察—以蝴蝶翅鳞片为例 将于11月3日（周五）晚19:00-21:00 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。

请问为什么上传NCBI时编码基因和tRNA不能重叠呀？我看其他人上传的数据也有重叠的呀，而且我这重叠也不多，为什么老是反应有问题呢？谢谢大家

我主要拍摄小型昆虫寄生蜂之类，有一点抖动对最后堆叠影响很大。看了殷博士分离的，想请分享一下相关的购买链接。十分感谢

想请问一下各位老师同学，我用windows版本的palm进行分歧时间分析，输入的序列文件已经转化为了palm格式，树文件也是做好化石标定的，但是产生了下面这个图片，想请问我这是发生了什么问题呀？谢谢大家

对昆虫很感兴趣，但是100讲只有花金龟，后面就没了，咋回事

感谢谢老师带来的精彩报告！ 欢迎大家在此帖下方留言讨论～

坐高铁能携带非常小的虫子吗？比液滴还要小，放大20呗才能看见的那种

由 谢强 教授 主持的昆虫学分类学讲习班第十二讲：rRNA 将于10月15日（周日）下午15:30-16:30 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。

组装完之后为什么会是这样的啊，这是什么原因造成的啊

如果虫体很小的话 使用同一个采集地 确定是同一物种的多头标本去提取DNA 进行二代测序 后续如果做低深度全基因组会出现什么问题吗

老师您有线粒体基因组组装的脚本

杜同学，张老师好，咱们的一键式构建线粒体发生矩阵很方便！想请教一下，咱们的一键式构建中，每一步用的具体软件包括什么呢？MAFFT，trimAL，Phylosuite？谢谢！

由 丁银环 博士 主持的昆虫学分类学讲习班第十一讲：微型节肢动物的高质量DNA提取和全基因组扩增 将于9月22日（周五）晚19:00-21:00 于线上举行。 此贴为提问帖，欢迎大家积极踊跃提问。我们会将关键的问题统一整理，并在讲习过程中逐一为大家解答。