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各类生物信息问题讨论与交流

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    一、实验原理 1.细胞周期的四个阶段 •G1期:细胞生长和代谢活跃,为DNA复制做准备。 •S期:DNA合成期,遗传物质复制。 •G2期:为分裂检查点,修复DNA损伤。 •M期:细胞分裂期 ,形成两个子细胞。 2.检测原理 •DNA含量标记法:利用荧光染料(如碘化丙啶,PI)与DNA结合的特性,通过流式细胞仪检测荧光强度。 •G1期:二倍体DNA(荧光强度低)。 •S期:DNA含量介于二倍体和四倍体之间。 •G2/M期:四倍体DNA(荧光强度高)。 •关键公式:荧光强
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    细胞免疫荧光技术是一种基于抗体与标记物相互作用的技术。它通过特异性的抗体与细胞表面或细胞内分子结合,再通过标记物在荧光显微镜下进行观察。实验流程通常包括样品制备、固定、通透、封闭、抗体孵育、复染、封片和观察 8 个部分。 目的 根据实验设计,准备状态良好的细胞样品。细胞培养是实验的基础,细胞状态直接影响实验结果。 ▐ 步骤 1. 准备盖玻片或共聚焦小皿。盖玻片需提前浸泡在 70% 乙醇中,盖玻片完全干燥后移至细胞培养
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    一、慢病毒包装及浓缩 1.实验准备 ①准备实验所需材料,包括健康的HEK 293T细胞、转染试剂(如PEI、lipo3000等)、无血清培养基、DMEM完全培养基(含10% FBS和1% P/S)。 ②准备无菌注射器和0.45μm的滤器 ③准备质粒:包装质粒(pSPAX2)、包膜质粒(pMD2.G)、转移质粒(目的基因)。 2.细胞铺板:在实验的第一天,将293T细胞分散于培养皿中,控制细胞数量在每个直径为10厘米的培养皿内约300-500万个细胞。 3.三质粒转染 ①在第二天进行转染操作,细胞的适宜
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    移液枪是实验室的“黄金右手”,但你是否遇到过数据忽高忽低、重复性差的问题?很可能是因为你的移液枪“跑偏”了!校准不及时,轻则实验误差倍增,重则毁掉整个课题!别慌!今天教你无需返厂、不花一分钱,用实验室常见工具轻松校准移液枪,从此告别“手抖焦虑”! 一、移液枪校准:为什么它比你想得更重要?移液枪的误差超过5%,可能导致以下问题:•细胞实验:药物浓度偏差,细胞死亡或污染。•PCR体系:引物/模板比例错误,扩增
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    一、内参是什么?为什么它如此重要? 在Western Blot(WB)实验中,内参(Internal Control)就像一把“标尺”,用于校正实验误差,确保目标蛋白的表达差异真实可靠。无论是上样量的波动、转膜效率的不均,还是抗体反应的偏差,内参都能帮助排除干扰,让实验结果更具说服力。 内参的核心作用: 1.校正上样量:通过内参的均一性,验证各组样本是否等量上样。 2.监控实验流程:如电泳分离、转膜效率是否正常。 3.提高数据可信度:期刊通常要求提供
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    原理 多重免疫组化(mIHC)是一项先进技术,能在单张组织切片上同时检测多个靶标。该技术主要依托酪胺信号放大技术(Tyramide signal amplification, TSA)。简单来讲,TSA技术属于一类借助辣根过氧化酶(HRP)对靶蛋白或核酸进行高密度原位标记的酶学检测手段。 TSA荧光染料由酪胺分子(tyramine,T)与荧光染料偶联构成。在过氧化氢(H₂O₂)环境里,非活性的酪胺分子(T)被与二抗偶联的HRP催化激活,大量发生酶促反应,转变为具有短暂活性的中间态分子(T*),并
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    核糖体作为蛋白质合成的关键生物结构,由两个亚基组成,每个亚基都包含蛋白质和核糖体RNA(rRNA)。在蛋白质合成过程中,rRNA负责将mRNA(信使RNA)中的遗传信息翻译成氨基酸序列,从而指导蛋白质的合成。在原核生物中,核糖体由两个亚基构成:较小的30S亚基和较大的50S亚基。这两个亚基共同组成一个完整的70S核糖体。这里的" S "代表的是Svedberg单位,这是用来衡量颗粒在离心过程中沉降速率的物理单位。其中,30S亚基包含16S rRNA和21种不同
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    原始细胞指的是从生物体组织(例如人类组织、小鼠组织、大鼠组织及兔组织等)通过蛋白酶或其他技术手段分离得到的单一细胞,并在实验室条件下模拟体内环境进行培养的细胞,这些被称为原始细胞。 通常认为,初次培养的细胞以及经过传代但代数在10代以内的细胞,均被归类为原始细胞培养。在人为控制的环境下,促使这些原始细胞存活、增殖、繁衍及传代,以便对细胞生命周期、细胞恶变、细胞工程技术等课题展开研究。 那么,对于原始细
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    大佬们救命我从NCBI下载的单细胞测序数据包,创建参考序列和注释文件运行cellranger count指令后生成了barcode文件,但是我用barcodes去提取原始reads却无法提出,我查看测序数据包的结构发现原始reads没有带barcodes,这是为什么,我该怎么解决。求求了
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    请教吧内各位大佬,小弟使用MaxQuant软件出了点问题。 MaxQuant软件输出的protein group文件为什么没有gene name 和protein name列信息啊?请问各位怎么解决呢?
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    研究背景 有效的免疫反应对于抵御无菌损伤和微生物攻击至关重要。然而,必须严格控制免疫反应引发的炎症,以防止其扩散并造成不可逆转的损害。通常,急性炎症是短暂且自我限制的,目的是恢复体内平衡。如果炎症失控,则可能导致严重的状况如败血症、自身免疫病或退行性疾病。尽管在转录、表观遗传学、RNA降解和蛋白质修饰水平上揭示了细胞内自限机制,但对免疫代谢在此过程中的作用的理解仍然有限。 乙二醛酶系统是哺乳动物中的一种
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    山梨酸乙酯,1,1-二甲氧基丙酮, 1,1-二甲氧基-2-溴乙烷、2-乙酰基吡啶 1122-62-9, 2-苯基-1,2-丙二酮-2-肟119-51-7, 乙酰乙酸烯丙酯1118-84-9 2-乙酰基吡啶CAS#: 1122-62-9 吡啶-2-甲醛肟CAS#: 873-69-8 3,5-二氯-4-羟基-苯甲酸乙酯 CAS#: 17302-82-8 2-甲氧基-6-甲基吡啶CAS#: 63071-03-4 2-溴-6-甲氧基吡啶CAS#: 40473-07-2 2-氯-6-甲氧基吡啶CAS#: 17228-64-7 1,4-苯并二噁烷CAS#: 493-09-4 丙烯酸四氟丙酯CAS号7383-71-3 1-叔戊基蒽醌CAS#: 32588-54-8 2,2,2-三氟乙基丙烯酸酯CAS#:407-47-6 4-苄氧基苯基乙基
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    WB(免疫印迹)、免疫荧光等实验中使用的抗体通常价格不菲,收到抗体后,我们该如何妥善处理呢?今天就来和大家聊聊这个话题。 1. 离心处理 收到抗体产品,不论是液态还是粉末形态,首先切勿急于打开盖子。由于运输途中的颠簸和震动,抗体可能会附着在容器壁或盖子上。为防止抗体在开盖时散落或飞溅,应直接将抗体管进行离心。建议的离心条件为10,000克(g)离心力,离心时长不少于20秒。离心有助于将可能分散的抗体成分聚集到管底,便
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    因新增合作项目需要,代为招聘以下相关专业工作人员。应聘人员请将详细简历及代表性业绩,发送至邮箱fhfxsh2024@hotmail.com。学历合格试用期表现优异者可申请入编省属事业单位。 生物信息学与人工智能研究员: (1)生物信息学或计算生物学相关专业,硕士研究生以上学历(含应届生)。 (2)熟练掌握本专业基本理论和实验方法,具备大数据云计算和人工智能编程开发经验。 (3)已在相关领域发表1篇(含)以上第一作者SCI科研论文(含已接收)
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    小白 毕业课题要求预测筛选lncrna 但是目前老师只给了各个基因在不同样本中表达量的数据(测序数据?) 要怎么筛和预测呢 还缺啥数据 请教一下大哥们
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    细胞核染色一般包括Ethidium Homodimer-1(溴乙啡锭二聚体 1)、Hoechst 染料、DAPI、PI 等细胞核染料。 Ethidium Homodimer-1 (EthD-1)主要用于染色死细胞。它与细胞核结合后,可发出红色荧光,常用于检测细胞的死亡状态。 (1)Ethidium Homodimer-1是一种高亲和性的荧光核酸染料,与DNA或RNA结合后,可以使荧光增强30多倍。 (2)由于带有较强正电荷,所以该染料不能穿过细胞膜进行活细胞染色,但是可以准确的检测溶液中的核酸或者解体细胞中的核酸,是一种较灵敏
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    一、实验操作步骤 1、细胞消化、离心及计数: ①取培养瓶中的细胞进行消化并离心,完成后进行细胞计数,制备细胞悬液。然后将细胞分装于培养板中,并添加药物进行处理,最后加入CCK8试剂进行孵育。 ②在离心完成后,小心去除上清液,保留细胞沉淀。根据实验所需的细胞密度,准备合适的稀释倍数进行处理。通常,我会使用3 mL的完全培养基对沉淀进行吹打混匀,确保细胞分散得均匀。混匀后,取30-40 µL的细胞悬液并移至计数板的一侧,进行细
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    一、实验原理 小鼠骨髓细胞中的有丝分裂活动旺盛,因此能够直接获取中期细胞,无需像血淋巴细胞那样需经过体外培育。骨髓细胞具备高度的分裂能力,经过秋水仙碱(秋水仙素)处理后,能将分裂的细胞阻滞在有丝分裂的中期阶段。随后,通过低渗处置、固着、滴涂、着色等一系列步骤,可以制作出优质的骨髓细胞染色体样本。 利用骨髓获取染色体相对简便,通常无需在无菌条件下操作。此方法在临床医学中多用于白血病的研究,在实验环境下
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    一、载玻片的预处理 1,爬片可采用常规盖玻片或特定爬片。 2.把裁剪适宜的爬片,放入浓硫酸中浸泡一整夜,次日先以自来水清洗20次,再以三次蒸馏水清洗3次,置于餐盒或培养皿中干燥后,进行高压灭菌处理,再次干燥。 4.以多聚赖氨酸对玻片进行处理,增强细胞与玻片的附着性。 二、细胞爬片的制备过程 1.利用胰酶对细胞进行消化后,进行计数,并将细胞重新悬浮于全培养基中。 2.在添加细胞时,依据玻片尺寸,预先在各孔预定放置爬片的位置
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    核酸分离与提纯是分子生物学、生物医学探究及临床检测等范畴中必不可少的基础实验环节。其旨在从样本(例如血液、组织、细胞、病毒等)中分离并提纯出高纯度的DNA或RNA,以便开展后续的PCR扩增、基因测序、分子杂交、芯片检测等多种实验。 实验操作原理 01 裂解过程: 样本首先通过物理和化学手段进行裂解,物理手段可能包含研磨、超声波破碎等,使细胞壁破裂,释放出细胞内的核酸。 化学试剂如十二烷基硫酸钠、苯酚/氯仿、异戊醇等用于
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    组蛋白乳酸化与疾病发生的关系乳酸是细胞糖酵解的主要代谢产物,在能量供给和信号传导方面发挥重要作用,因此乳酸可作为反应底物参与多种疾病的发展。蛋白质翻译后修饰(Protein translational modifications,PTMs)通过功能基团或蛋白质的共价添加、调节亚基的蛋白水解切割或整个蛋白质的降解来增加蛋白质组的功能多样性。PTMs包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、乳酸化、脂质化和蛋白水解,在细胞生物学和疾病治疗和预防
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    一、细胞 1.细胞接种浓度的选择 • 贴壁细胞:鉴于细胞尺寸的差异,建议依据实际情况适当调整细胞密度分布。 • 悬浮细胞:通常在96孔板中,每孔置入10000个细胞,可通过细胞计数方式进行布板。 采用状态优良的细胞进行铺板,传代过多的细胞不宜使用。铺板过稀,细胞杀伤效果不明显;铺板过密,细胞可能大量死亡。细胞密度多采用10000个/孔,100ul/孔。 2.药物浓度与处理时长的设定 • 不同细胞对药物的敏感性不同。若药物浓度未知,可查阅相
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    在基础科学研究中,生物样本的前处理环节举足轻重。它不仅对实验结果的精准度和可信度产生直接影响,还能大幅提升数据分析的效率与品质。通过标准化的前处理步骤,我们能最大限度地降低样本污染和变异的风险,确保所获取数据的有效性。今日,让我们一同探讨学习常见的样本前处理方法! 一、样本采集 Ⅰ 细胞样本 对于贴壁细胞,需利用胰蛋白酶或细胞刮刀处理后转移至离心管;悬浮细胞则直接吸取至EP管。随后,在4℃条件下,以1000×g的
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    在Western Blotting实验中,将目标蛋白高效地从凝胶转移至印迹膜上,是实验成功的关键一环。这一过程需要根据样品特性和目标蛋白的性质进行细致优化。以下是我们精心总结的六大策略,旨在帮助你提高WB转印效率。 1. 精选转印方式 首先,需根据实验需求选择最适合的转印方式。湿转,适用于广泛分子量范围的蛋白转印,膜与胶完全浸没在转印缓冲液中。半干转,则更适用于30-120kD范围内的蛋白,且转印速度更快,缓冲液仅覆盖膜与滤纸。而快速半
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    在生物医学研究中,蛋白质是生命活动的关键角色,而抗体作为能够精准识别并结合特定蛋白质的分子,其重要性自不待言。然而,即便针对同一抗原的抗体,在不同生产厂商或应用于不同样本类型时,所检测出的蛋白质分子量往往会出现令人困惑的显著差异。这一现象不仅给研究者带来了诸多困扰,也对实验结果的阐释和应用造成了深远的影响。本文将深入剖析这一现象背后的缘由,以及它对我们理解和运用抗体所带来的挑战。 抗体是由免疫系统
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    大佬们,老师布置了一个任务,让查询甲基苯丙胺在人体内的代谢途径,在什么酶的作用下转化成了什么,直到进入TCA,但是我用KEGG,PubMed,metaboanalyst等等都查不到怎么办呀,是我的思路有问题吗?
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    番红固绿染色是一种常用的植物组织染色技术,通过利用染料分子对细胞内不同成分的亲和性差异,实现对特定结构的选择性着色,从而增强细胞结构的可视化效果。以下是关于番红固绿染色实验操作的一些小细节和注意事项。 一、实验原理 番红固绿染色主要基于染料分子与细胞内特定成分的相互作用。番红能够与植物细胞壁中的木质素、纤维素等多糖发生作用,形成鲜明的颜色对比;而固绿则常用于染色含有浆质的纤维素细胞组织,使细胞结构更
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    有没有老师指导一下,做western blot电泳时,条带压不成一条直线,是散的,而且越往下跑颜色越淡,是因为什么情况呀#Western blot#
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    本人211在读研二 已经通过自学完成一篇一区sci 致力于生信多组学分析 主要是通过宏基因组和转录组联合分析研究肠道微生物与宿主相互作用我这边有很多资料 可以一起学习哟#生信##生物信息##R语言##多组学##生信分析#
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    一、实验原理 细胞划痕实验通过在单层贴壁细胞培养中制造人为的划痕,然后观察细胞如何向划痕区域迁移并修复损伤,从而评估细胞的迁移能力。这种方法常用于研究细胞迁移的调控机制,以及药物或其他处理因素对细胞迁移的影响。 二、应用简介 细胞迁移在多种生理和病理过程中发挥重要作用,包括免疫反应、激酶过程、肿瘤迁移、组织损伤修复和细胞生长等。细胞划痕实验作为一种简单而有效的评估方法,被广泛应用于这些领域的研究。 三
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    做转录组,蛋白组,代谢组,16 S及联合分析PCA分析,差异分析(火山图、热图、雷达图),功能分析(KEGG、GO和GSEA分析),联合分析网络图 个性化分析:根据个人研究需求挑选差异基因/蛋白/代谢物做热图,挑选想要的通路做KEGG气泡图。有需要可丝我,诚信接单,态度友好,分析认真。
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    C57小鼠的由来 C57BL作为小鼠品系中广泛应用的代表,其名称中的BL源自英文Black,意指该品系小鼠以黑色外观显著区别于其他品系。 C57BL涵盖多个科研常用的亚系,如C57L、C57BL/6、C57BL/10,其中C57BL/6尤为普遍,这些小鼠常被简称为黑鼠或黑色小鼠。但需注意的是,此类称呼易引起混淆:提及实验用黑小鼠时,虽常指C57BL/6,却非绝对。 另外,C57BL/6亚系内还包含多种基因型小鼠,其命名习惯是在6后附加字母,例如C57BL/6J、C57BL/6N,因此仅凭黑色外观无法确
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    #01碘-碘化钾(I2-KI)溶液 碘-碘化钾(I2-KI)溶液,作为植物组织化学测定的关键试剂,能有效将淀粉染成蓝紫色,蛋白质呈现黄色。 配制方法:取碘化钾2g,先溶解于少量蒸馏水中,完全溶解后加入碘1g,充分振荡至溶解,稀释至300ml蒸馏水,储存于棕色玻璃瓶中。使用时,建议稀释2至10倍,以避免染色过深,确保染色效果更为理想。 #02苏丹Ⅲ染色剂 苏丹Ⅲ(SudanⅢ或Ⅳ)染色剂,能够显著将木栓化、角质化的细胞壁以及脂肪、挥发油、树脂等成分染
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    了解线粒体自噬及其调控机制MDL科研助手 2024年12月13日 17:42 河北01线粒体自噬 线粒体自噬(mitophagy)是2018年公布的生物物理学名词。 线粒体自噬的定义是选择性地隔离和降解受损伤或不完整线粒体的自噬方式。参与维持线粒体网络功能的完整性和细胞的稳态。 线粒体自噬主要包括四个过程: 1、识别:当线粒体受到损伤或其功能下降时,细胞能够识别这些变化并标记这些线粒体以供降解。这种识别可以由多种信号途径介导,比如PTEN诱导的拟激酶1(PIN
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    一、荧光原位杂交技术原理 荧光原位杂交技术是根据核酸碱基互补配对原理,用半抗原标记DNA或者RNA探针与经过变性的单链核酸序列互补配对,通过带有荧光基团的抗体去识别半抗原进行检测,或者用荧光基团对探针进行直接标记并与目标序列结合,最后利用荧光显微镜直接观察目标序列在细胞核、染色体或切片组织中的分布情况[1]。 原位杂交技术最早由Pardue和Gall、John于1969年建立[2],他们将放射性标记的 DNA与目标DNA接合,通过放射自显影
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    根据国家自然科学基金委员会官网通知,预计2025年度国家自然科学基金项目指南将于2025年1月中旬正式发布,您准备好了吗? 2025年有哪些变化? 一、能同时申报两个本子 作为高级职称科研人员,如果在某一年里没有主持任何项目,可以采取“双重投递”策略。具体来说,就是在同年内同时向不同学部投递项目申请。同一研究课题在不同学部的评审中可能会获得不同的评价。这样可以有效分散风险,提高项目中标的概率。 值得注意的是,国家自然科
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    紫外辐射(UV)作为一种普遍且高效的消毒手段,其原理在于能摧毁微生物的DNA结构,从而达到杀菌效果。然而,对于已灌装至容器内的细胞培养液而言,紫外线的照射可能会对其内含的蛋白质及其他易受影响的成分带来伤害,特别是当照射时间延长时。举例来说,B族维生素群及色氨酸在紫外线的照射下可能发生化学变化,进而丧失其原有功能。 由于紫外线的穿透力相对有限,普通玻璃材质与塑料能有效阻挡紫外线,因此,存放于离心管或其他容器
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    细胞转染(Transfection),是将外源性基因导入细胞内的一种专门技术。随着基因与蛋白功能研究的深入,转染目前已成为实验室工作中经常涉及的基本方法。目前常用的转染方式是脂质体转染法。 原理 脂质体作为体内和体外输送载体的工具,已经研究的十分广泛,中性脂质体是利用脂质膜包裹DNA,借助脂质膜将DNA导入细胞膜内。带正电的阳离子脂质体,DNA并没有预先包埋在脂质体中,而是带负电的DNA自动结合到带正电的脂质体上,形成DNA-阳离子脂质
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    活体成像技术是在生物体存活状态下,运用影像学手段对生物过程实施组织、细胞及分子层面的定性与定量分析的科学方法。该技术涵盖生物发光(bioluminescence)、荧光(fluorescence)、同位素成像(isotopes imaging)以及X光成像(X-ray imaging)等多种方式。具体而言,生物发光利用荧光素酶基因对细胞进行标记;荧光技术则通过荧光报告基团所表达的荧光蛋白,如GFP、EGFP、RFP、YFP,以及荧光染料等进行标记,随后借助专业仪器进行检测分析。 02标记原理 ①实验
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    流式细胞术 (Flow Cytometry, FCM) 是一种在液流中快速检测细胞特性的技术。它通过将单个细胞与特异性抗体结合,对细胞进行多参数定量分析,包括细胞表面标记、细胞内蛋白质表达、细胞周期、DNA含量等。流式细胞术具有高通量、高灵敏度、高特异性等优点,广泛应用于免疫学、血液学、肿瘤学等领域。 流式细胞术的工作原理 在流式细胞仪中,细胞被包裹在鞘液 (sheath) 中,通过喷嘴以一定的速度射出。当细胞依次通过激光束时,激光束会照射到细胞
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    生信分析生信医学医学sci指导答疑代做生信医学sci文章指导写作生信分析指导复现,生信分析,医学sci、医学综述、文章,选题,框架,创新,投稿,期刊,推荐等,JCR、中科院及中文核心。医学三维重建、医学图像处理、医学图像分割、医学语义分割、医学目标检测、生物信息学。孟德尔随机化、SCI、基础医学、医学建模、医学fang真、医学影像、转录组、单细胞。宏基因、代谢组、群体遗传、医学统计、药理学、ct重建、医学结构fang真、生信扩增
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    单细胞分析 tcga数据分析 多组学分析 单细胞数据分析 TCGA,GEO,等公共数据库常规分析 擅长以下数据分析:RNA-seq、SCRNA-seq等高通量测序数据;整合 GWAS数据和 eQTL,如SMR,TWAS, Sherlock等;GWAS相关分析LDSC, GCTA, GSMR, TwoSampleMR,conjFDR、Mixer 等 疾病相关细胞类型的LDSC与MAGMA分析;SCRNA-seq与 sCATAC-seq数据的整合分析,如SCENT分析、SCARlink分析等基因表达,CNV,甲基化,突变等差异基因分析,KEGG/GO/GSEA功能富集,单细胞分析,孟德尔随机化,生存分析,WGCNA,聚类
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    质粒(plasmid)是一种染色体外的稳定遗传因子,大小从1-200kb不等,为双链闭环的DNA分子,并以超螺旋状态存在于宿主细胞中。质粒作为低等生物体内的最小遗传单位,具有分子量小、复制速度快等诸多优点,是分子生物学实验中不可缺少的工具载体。 01点突变 点突变指通过聚合酶链式反应(PCR)等方法向目的DNA片段(可以是基因组,也可以是质粒)中引入所需变化(通常是表征有利方向的变化),包括碱基的添加、删除、点突变等。定点突变能迅速、高效的
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    一、污染防控措施 在执行PCR操作时,操作人员需严格遵循既定规程,以最大化减少乃至消除PCR过程中的污染风险。 01 操作区域划分: 尽管当前常规PCR操作难以实现全程单人单管的完全封闭作业,但无论条件如何,均须确保实验在三个独立区域内分阶段完成,且PCR的前处理与后处理需严格隔离: 样本制备区:专用于扩增模板的准备工作; PCR扩增区:涵盖反应体系的配制及PCR扩增过程; 产物分析区:负责凝胶电泳分析、产物成像及重组克隆的操作。
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    目前,无论是在国内还是全球范围内,实验动物中数量最多、应用最广泛的当属聪明、活跃且敏感的老鼠。数据显示,每年有超过2000万只动物被用于生物医学研究,其中超过90%为老鼠及其他啮齿类动物。大、小鼠成为实验首选,主要归因于以下四点: 第一,鼠类与人类基因相似度高达80%以上,每十只实验动物中约有九只是小鼠或大鼠。小鼠特别适合人类遗传病研究,而大鼠则在癌症研究与毒理学实验中表现出色。研究显示,老鼠与人类骨骼结构有99%

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